Struktura stroškov vzračni tovorje razmeroma zapleten, ki vključuje več povezav in več polnilnih entitet. Zato je pri izbiri zračnih tovornih storitev priporočljivo, da podrobno razumete metode sestave in izračuna različnih stroškov, da se sprejmejo pametne odločitve. Hkrati je celovita komunikacija z letalskimi prevozniki ali špediterji za razumevanje podrobnosti o stroških in preferencialnih politikah tudi učinkovit način za zmanjšanje stroškov prevoza.
Tovorni promet je osnovna pristojbina, ki jo za prevoz blaga zaračunajo letalske družbe. Način izračuna tovora običajno temelji na teži blaga (vključno z dejansko težo in količinsko težo, kar je večja) ter ciljno in prevozno razdaljo blaga.
Doplačilo za gorivo je dodatna pristojbina, ki jo zaračunajo letalske družbe za nadomestilo za nihanje stroškov goriva. Ker na cene goriva vpliva mednarodni trg, bodo doplačila za gorivo ustrezno nihala. Doplačila za gorivo se lahko razlikujejo na različnih letališčih in destinacijah.
Pristojbina za varnostno inšpekcijo je pristojbina, ki jo zaračuna letališče za zagotovitev varnosti blaga. Ta pristojbina se običajno izračuna na podlagi teže ali števila kosov blaga.
Pristojbine za ravnanje z letališči vključujejo stroške nalaganja in raztovarjanja, skladiščenja, razvrščanja in drugih operacij blaga na letališču. Te pristojbine zaračunajo letališče ali letalska družba, da pokrijejo stroške ravnanja z blagom na letališču.
Terminalni pristojbini običajno nastanejo, ko se blago preda prodajalcu ali ponudniku logistike, vključno s stroški za paletizacijo in nalaganje. Te pristojbine na koncu zaračuna letališče, da se zagotovi, da se blago lahko nemoteno vkrca.
Pristojbina za dihalne poti je pristojbina, ki jo zaračuna letalska družba ali špediter za izdajo zakona o dihalnih poteh. Predlog zakona o dihalnih poteh je naslov naslova, ki se uporablja za dokazovanje lastništva in prevoza pogojev blaga.
Poleg zgornjih pristojbin se lahko vključijo tudi druge pristojbine, kot so pristojbine za carinsko dovoljenje, pristojbine za skladiščenje, zavarovalne premije itd. Te pristojbine so odvisne od posebnih okoliščin blaga in prevoza.